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miRNA测序

一、服务介绍

microRNA(miRNA)是一种大小约21—23个碱基的单链小分子RNA，是由具有发夹结构的约70-90个碱基大小的单链RNA前体经过Dicer酶加工后生成，不同于siRNA（双链）但是和siRNA密切相关。microRNA通过和靶基因mRNA碱基配对引导沉默复合体（RISC）降解mRNA或抑制mRNA的翻译，从而在转录后水平调控蛋白表达（最新发现miRNA也能在转录水平调控基因表达）。miRNA在物种进化中相当保守，在动物、植物和真菌等中发现的miRNA表达均有严格的组织特异性和时序性。miRNA在细胞生长和发育过程中起多种作用，包括调控发育、分化、凋亡和增殖等。

目前研究miRNA的方法主要是realtime-PCR、生物芯片技术以及第二代测序技术。基于第二代测序技术的miRNA测序，可以一次获得数百万条miRNA序列，能够快速鉴定出不同组织、不同发育阶段、不同疾病状态下已知和未知的miRNA及其表达差异，为研究miRNA对细胞进程的作用及其生物学影响提供了有力工具。

二、分析项目

标准分析项目

1) 原始数据质控（去接头污染，去低质量reads），数据产出统计；

2) 与参考序列比对；

3) 小RNA与rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA、piRNA的比对信息；

4) 小RNA与miRBase 中指定范围的已知的 miRNA的比对；

5) 按照优先级将小RNA进行分类注释；

6) 预测新的miRNA；

7) 差异miRNA分析；

8) 差异miRNA表达聚类分析；

9) miRNA靶基因预测分析

10) 靶基因功能富集分析

高级分析项目（以下分析选择分析结果较好的3~5个）

靶基因蛋白互作网络分析

miRNA功能协同网络分析

miRNA通路协同网络分析

miRNA共调控网络分析

miRNA活性分析

按照客户要求对兴趣miRNA进行深入分析；

重要miRNA的功能富集分析；

三、样本要求

RNA样品总量: ≥3μg

RNA样品浓度: ≥200 ng/μL

四、项目周期

45个工作日

lncRNA测序

一、服务介绍

长链非编码RNAs（long non-coding RNAs，lncRNAs）一般是指长度大于200 nt的RNA，位于细胞核内或胞浆中，不参与蛋白质编码功能，以RNA形式在多种层面上（表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等）调控基因的表达水平，在生命活动中具有重要作用。

长链非编码RNA测序（long non-coding RNA sequencing，lncRNA-Seq）是一种使用特定方法降低样本中rRNA 的丰度，对富集到的 RNA进行文库构建，再对高通量测序仪产出的数据进行信息分析的研究方法。lncRNA-Seq可一次性获得样本中几乎全部的lncRNAs信息，对lncRNAs的类别、功能进行全方位的深入分析，从而快速全面准确地获得与特定生物学过程（例如发育、疾病等）相关 lncRNA信息。

二、数据分析内容

标准分析项目

1) 去除接头序列、低质量序列，得到高质量数据；

2) 与核糖体数据库比对，去除核糖体RNA（rRNA）数据

3) 转录本组装；

4) 鉴定已知转录本（包括已知lncRNA）和新转录本；

5) 预测新的lncRNA；

6) lncRNA定量及差异分析（需至少2个样品）；

7) lncRNA差异表达模式聚类；

高级分析项目

基于互补序列的lncRNA-mRNA互作分析；

构建重要的lncRNA-mRNA网络图；

网络拓补学分析及网络模块分析；

功能富集分析；

ceRNA预测分析；

三、样品要求

1.样品类型：细胞、新鲜组织或RNA样品。

2.样品量：细胞样品请提供至少1×107个细胞，组织样品请提供至少300mg的组织块或切片，RNA样品请提供10 μg以上的总RNA。

3.样品质量：RNA无明显降解，提取的总RNA OD260/280值在1.8~2.2之间，浓度≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥7。

4.样品保存：细胞样品或新鲜组织块（切成~50mg的小块）可用TRIZOL或RNA保护剂处理或液氮冻存后，-80℃保存。RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。

5.样品运输：样品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰运输。